Forteca była położona pomiędzy ramionami Wisły i Szkarpawy. Prawdopodobnie pierwsze stałe umocnienia powstały krótko przed 1626. W drugiej połowie lipca 1626 Głowa Gdańska została zajęta przez wojska szwedzkie i znacznie rozbudowana. Została obsadzona silną załogą, co pozwoliło kontrolować handel wiślany Gdańska. Od przepływających do Gdańska statków wiślanych i tratew z drewnem były pobierane opłaty, a towary potrzebne Szwedom były zatrzymywane i konfiskowane. Fortyfikacja wróciła pod zwierzchnictwo Gdańska po rozejmie w Sztumskiej Wsi (12 września 1635) i została ponownie obsadzona przez załogę wydzieloną z wojsk garnizonu miejskiego. W latach 1655 – 1659 forteca była miejscem wielu potyczek pomiędzy wojskami Gdańskimi a Szwedzkim, ostatecznie Szwedzi opuścili ją 22 grudnia 1659.

Planowana była rozbudowa fortyfikacji, w końcu jednak zdecydowano się je rozebrać w drugiej połowie XVII wieku, ponieważ koszt ich utrzymania przekraczał możliwości Gdańska. Poza tym obawiano się, że jeśli znowu zostanie zdobyta przez przeciwnika, ponownie może stać się miejscem blokady spływu wiślanego. Resztki twierdzy rozebrano ostatecznie przy okazji przeprowadzenia Przekopu Wisły pod koniec XIX wieku (1890-1895); część terenu dawnej twierdzy została zajęta przez infrastrukturę przekopu.

Obecna Gdańska Głowa to nazwa wybudowanej śluzy na Szkarpawie. Śluza jest malowniczym i wciąż działającym zabytkiem hydrotechniki. Zbudowana została wraz z Przekopem Wisły w 1895 r. Nazwę odziedziczyła po dawnej twierdzy "Gdańska Głowa". Główną funkcją śluzy jest odcięcie nurtu Wisły od nurtu Szkarpawy w celu zapobieżenia powodziom na Żuławach.